O sulfato do Chondroitin existe principalmente na matriz extracellular ou na superfície das pilhas como proteoglycan. O sulfato do Chondroitin encontrado na cartilagem é representante de suas funções. Muito do sulfato do chondroitin encontrado na cartilagem existe como um proteoglycan chamado aggrecan, dando forma a um complexo supramacromolecular com proteínas hyaluronan e da ligação. Este complexo dá forma à matriz extracellular da cartilagem com tipo colagénio de II, peculiar à cartilagem, que joga um papel importante no mecanismo de amortecimento da cartilagem. Decorin, que existe na pele em grandes quantidades, adere às fibras do colagénio e controla a formação da matriz extracellular. O sulfato do Chondroitin encontrado em outros tecidos é envolvido igualmente na formação da matriz extracellular, como proteoglycan em muitos casos, exercitando o controle de características celulares, tais como a adesão de pilha, a migração, a diferenciação, e o crescimento.  

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